二是在多个领域开展了对专项资金项目，特别是国债资金项目的效益审计。举办公共工程或公共项目是市场经济条件下，各国政府干预经济、解决市场失灵问题的重要方式，我国政府也多次使用。特别是1998年以来，为了应对亚洲金融危机，扩大国内需求，拉动国民经济快速增长，党中央、国务院决定实施积极的财政政策，加快基础设施建设。从1998年经全国人大批准，国务院决定增发长期建设国债1000亿元起，到2003年已累计发行8000亿元。这些国债资金的使用有明确的政策目标或效益指标，他们大多以项目的形式用于农林水利、交通、城市基础设施建设、电网建设、西部开发、东北老工业基地、公共卫生和教育、中央直属储备粮库、经济适用房、重点行业技术改造、重大项目装备国产化和高新技术产业化等，到2000年累计安排国债项目6620个。全国人大高度关注这些资金的使用情况及其效益，为此，九届全国人大常委会第十六次会议作出决定，要求审计署对1999年国债专项资金重点项目进行审计，审计署对这项工作专门制定了《1999年国债专项资金重点项目审计工作方案》，要求对项目概（预）算、资金来源、到位情况、初步设计、可行性研究、招投标管理、建设进度等方面进行审计，并客观评价项目建成后的经济效益和社会效益。审计机关对国债专项资金重点项目的审计不仅要审查国债资金使用的真实、合法性，而且也从项目管理的角度关注资金是否发挥了应有的作用、达到了预期的目的等效益性指标。由于项目的立项、建设和营运都有比较规范的程序和评价标准，对项目资金进行效益审计是国际上最先实施的领域和普遍的做法，我国审计机关对此也进行了积极的探索。
    为探索项目资金效益审计的路子，审计署进行了认真规划，并组织实施。如在审计署制定的《1999至2003年审计工作发展纲要》中提出了“积极开展对农业专项资金使用效果的审计，逐步建立对资金使用效果的审计评价指标体系，促进提高资金使用效益”、“探索评审资源环保政策的执行效果”、“揭露和反映重复建设和盲目投资等问题，促进提高固定资产的投资质量和效益”等效益审计的目标。其效益审计成果在历年的审计工作报告中也有反映。如1999年度查证的国家重点（专业）实验室利用世界银行贷款引进设备长期闲置、利用率不高，国家重点建设项目建成即报废，虚报国债项目套取国家资金；2000年度审计工作报告中披露的16个省（区、市）1999年102个国债项目不严格执行招投标制、工程监理制和项目法人制的问题，40个公路项目中的36个没有严格执行招投标制和工程监理制问题；2001年度审计工作报告中披露的铁道部从国外购买的不合格钢轨问题，虚报退耕还林试点完成量骗取各项补助问题；2002年度审计工作报告中披露的污水处理项目未按照计划完工或开工、设备闲置的问题，机场建设布局不合理、建设标准和规模过度超前的问题等，实际上都是对效益的评价。 
　　从1983年审计机关成立一直到2002年，由于被审计对象履行受托经营管理责任的有限性、经济社会违规违纪问题的严重性和审计机关开展效益审计专业能力的限制，审计机关开展的审计项目主要以评价合规性为主，效益评价只是在合规性审计中予以关注，仅在2002年深圳市审计局组织实施了第一个单独立项的国家效益审计项目———深圳市卫生医疗设备及大型医疗设备使用管理绩效审计。 
　  三是在前期经验的基础上，全面推动效益审计的发展。2003年以来，各级国家审计机关根据自身的业务能力，适应审计环境的变化要求，不同程度地组织实施了单独立项的效益审计项目。推动效益审计开展的外部条件主要有四个：第一，科学发展观的提出及贯彻落实带来的经济增长方式、行政管理方式的转变，使审计工作评价被审计单位的经济责任成为必要和可能。在党的十六届三中全会上，党中央首先提出了“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展”的科学发展观。党的十六届五中全会通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》提出了全面贯彻落实科学发展观的要求，并按照科学发展观的要求制定了“十一五”时期经济社会发展的目标。贯彻落实科学发展观就是要立足于节约资源、保护环境，使经济增长中主要依靠资源投入向主要依靠资源利用率转变，使经济增长方式向集约型转变，提高质量效益。贯彻落实科学发展观要求政府部门从粗放式管理向绩效管理转变，并建立行政问责制度和绩效预算制度。国家审计作为国家财政收支、财务收支的综合经济监督机关，应当适应审计环境的发展要求，围绕党和政府的中心工作，在关注财政财务收支真实、合法性的同时，积极开展效益评价。第二，审计署审计工作报告披露问题的力度加大和审计公告制度的实施催生了审计机关的效益审计。2004年以来，审计署在审计工作报告中加大了披露问题的力度，这种做法被舆论界称为“审计风暴”，并获得了全国人大、中央政府和社会各界的普遍认同。人们在欢迎审计机关公开被审计单位问题的同时，也期望这些问题得到切实的纠正，实行问责制度，追究有关当事人的责任，避免类似问题的再次发生。与不到10%的违规资金相比，90%以上合规使用的资金效益显得更加重要，因此开展效益审计就成为审计机关一项十分紧迫的任务。第三，法规制度的完善为效益审计评价指标体系的建立提供了可能。如2004年《国务院关于投资体制改革的决定》为进一步落实企业投资的自主权，对企业投资的核准制进行了进一步规范，备案制进一步完善。2004年《财政部关于开展中央政府投资项目预算绩效评价工作的指导意见》区分了项目前期、中期和项目竣工运营期的分阶段绩效评价，提出了从项目立项、可研、概算、建设过程、竣工决算、环境保护、后续运营等对项目进行全面评价，并提出了构建中央政府投资项目预算绩效评价体系思路。2005年财政部发布了《中央部门预算支出绩效考评管理办法（试行）》，对绩效考评进行了进一步的规范。 

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